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原核转录组测序
产品简介

原核转录组测序是基于 HiSeq 平台,构建链特异性文库研究原核生物在某个时期或者在?#25345;?#29615;境条件下转录出来的所有 mRNA。由于原核生物 mRNA 没有 polyA 尾结构,需要去除 rRNA 的特点,针对不同的研究物种采取有效的方法去除 rRNA,保证数据质量。


技术流程



样品要求

1) 样品类型:去蛋白并进行DNase处理后的完整总RNA;
 
2) 样品需求量:≥10 μg;
 
3) 样品浓度:≥250 ng/μl;
 
4) 样品纯度:OD260/280=1.8~2.2;OD260/230=1.8~2.2;

案例解析

案例一:转录组研究砷胁迫下肠?#21496;?#31185;菌系LSJC7转录机制[1]

     很多细菌对砷的抗性,主要是由于细菌中ars操纵子的作用,但是,细菌对砷胁迫整体分子机?#21697;?#24212;却研究的不多。在本研究中,对菌系LSJC7在砷胁迫下进行全转录组分析发现,参与砷吸收的基因表现下调而使砷在体内减少和流出的基因表现为?#31995;鰨?#30775;环境下活性氧和一氧化氮代谢被激活,加重了细菌DNA,蛋白质损伤;但是,同时关于DNA,蛋白?#24066;?#22797;的nsrR 和 soxRS 转录调节基因高表达,从而使细菌可适应高浓度砷环境。

参考文献

[1]Zhang Y, Chen S, Hao X, et al. Transcriptomic Analysis Reveals Adaptive Responses of an Enterobacteriaceae Strain LSJC7 to Arsenic Exposure. Frontiers in Microbiology. 2016;7:636. doi:10.3389/fmicb.2016.00636.
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