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微生物多样性

产品简介
       

       微生物多样性主要的研究对象为:细菌(16s rRNA)、真菌(18s rRNA/ITS)、古细菌(16s rRNA)。由于目前的高通量测序技术其测序读长的限制,所以往往需要针对测序对象的部分区段进行测序分析,因而又称为扩增子测序。特别的在研究共生菌过程中,一般会有来自宿主的污染,建议单个样本的测序量从传统的3-5万,提高到8-10万tags。如果测序中涉及到线粒体、叶绿体到污染也要适当的提高测序通量。

技术流程

参考数据库

文献推荐

Caporaso J G, Lauber C L, Walters W A, et al. Global patterns of 16S rRNA diversity at a depth of millions of sequences per sample[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2011, 108(Supplement 1): 4516-4522.

Subramanian S, Huq S, Yatsunenko T, et al. Persistent gut microbiota immaturity in malnourished Bangladeshi children[J]. Nature, 2014, 510(7505): 417-421.

共生菌研究文献推荐

Guttman D S, McHardy A C, Schulze-Lefert P. Microbial genome-enabled insights into plant-microorganism interactions[J]. Nature Reviews Genetics, 2014, 15(12): 797-813.

Knief C. Analysis of plant microbe interactions in the era of next generation sequencing technologies[J]. Front Plant Sci, 2014, 5: 216.

Turner T R, Ramakrishnan K, Walshaw J, et al. Comparative metatranscriptomics reveals kingdom level changes in the rhizosphere microbiome of plants[J]. The ISME journal, 2013, 7(12): 2248-2258.

Zimmerman N B, Vitousek P M. Fungal endophyte communities reflect environmental structuring across a Hawaiian landscape[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2012, 109(32): 13022-13027.

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