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群体遗传进化
产品简介

      针对已有参考基因组的物种,对其各亚种进行全基因组重测序获得基因组信息,通过与参考基因组比对,得到大量高准确性的 SNP、InDel、SV 等变异 信息,讨论群体的遗传结构、种群历史和基因交流等,从而从分子层面揭示该物种的进化机制、环境适应性等系列问题。该技术能精准地得到全基因组内所 有遗传信息,最大程度地挖掘出群体内遗传变异。

技术流程
     
      在DNA层次上进行群体遗传进化分析的高通量测序技术有两种:一是简化基因组测序技术,二是全基因组重测序。


选材要求

1、同一物种不同的亚种和品系;
2、不同地理分布的群体;
3、每个亚群10个以?#32454;?#20307;。


样品要求

1)样品类型:无降解且无RNA污染的DNA样品;

2)样品需求量:≥2μg;

3)样品浓度:≥30 ng/μl;

4)样品纯度:OD260/280=1.8~2.0。


案例解析

案例一:解密西方蜜蜂群体进化和驯化历史[1]

   本研究中对来自世界各地14个西方蜜蜂群体共140个样品进行全基因组重测序,总覆盖深度达634X,共得到8.3M SNPs。这些数据为我们深入研究蜜蜂的进化历史和驯化史提供了有力的线索;通过分析这些数据发现:
蜜蜂的种群历史大小和地球气候寒冷与否有很大的相关性;约在2万-3.5年前和15万-35万年前,地球气候出现两次寒冷期,两次冰川期?#26500;?#32769;蜜蜂有效群体大小出?#21046;?#39048;,使得古老蜜蜂种群在瓶颈期后迅速分化,形?#19978;?#20195;蜜蜂(M,C,O,A)四个类群。


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案例二:探索青藏高原牦牛驯化历史[2]

   本研究中,对取自青藏高原的13头野生牦牛,11头经过130多年人工选择(白色毛皮)的牦牛,以及58头青藏高原各地没有被人工特意选择的地方?#20998;?#29286;牛共83头进行全基因组重测序;通过?#24050;?#29286;牛相比于野生牦牛的选择性清除分析发现,在牦牛的驯化过?#35752;校?#20027;要选择发生在关于大脑控制和动物行为相关的基因,比如控制牦牛攻击性基因PLXNB1,恐惧相关基因ADCYAP1R1等,通过驯化使得牦牛变得温顺;


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参考文献

[1] Wallberg A,et al. A worldwide survey of genome sequence variation provides insight into the evolutionary history of the honeybee Apis mellifera. Nat Genet. 2014 Oct;46(10):1081-8. doi: 10.1038/ng.3077. Epub 2014 Aug 24.
[2] Qiu Q, Wang L, Wang K, et al. Yak whole-genome resequencing reveals domestication signatures and prehistoric population expansions. Nature Communications. 2015;6:10283. doi:10.1038/ncomms10283.
[3] Donato MD, Peters SO, Mitchell SE, et al. Genotyping-by-Sequencing (GBS): A Novel, Efficient and Cost-Effective Genotyping Method for Cattle Using Next-Generation Sequencing [J]. Plos one, 2013, 8(5): e62137.
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