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基因组重测序
产品简介

     全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。基于全基因组重测序技术,人们可以快速进行资源普查筛选,寻找到大量遗传变异,实现重要性状候选基因的预测。随着测序成本降低和拥有参考基因组序列物种增多,全基因组重测序成为动植物育种的有效方法。

技术流程
 
样品要求

1)样品类型:无降解,无污染的DNA样品;
 
2)样品需求量:≥2μg;
 
3)样品浓度:≥30 ng/μl;
 
4)样品纯度:OD260/280=1.8~2.0。
 
 
其他要求
 
1) DNA要有明显主带,无降解,无RNA、蛋白?#23454;?#26434;质污染;
 
2) 送样时请使用干冰或冰袋运送


案例解析

案例一:全基因组重测序检测鹰嘴豆遗传变异[1]

       本研究中对35份鹰嘴豆进行全基因组重测序,总测序量达192.19Gb data(973.13M reads),平均测序深度10X;与参考基因组比对,平均比对率为92.18%,基因组平均覆盖度82.17%;全部数据用于后续的SNP,indel,SV,CNV,PAV变异检测;该研究中全基因组范围的变异为后续的定位重要农艺性状奠定了基础;以及为后续?#35889;鱏NP芯片和育种提供极大的帮助。




参考文献

[1]Mahendar Thudi ,et.al. Whole genome re-sequencing reveals genome-wide variations among parental lines of 16 mapping populations in chickpea (Cicer arietinum L.).BMC Plant Biology.2016 16(Suppl 1):10,DOI: 10.1186/s12870-015-0690-3.
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