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细菌denovo测序

 产品简介

      一般情况下细菌基因组小于<10M,而三代测序一个测序单元cell,数据产出在700M~1G左右,因此其测序深度可以达到70x~100x。加上三代单分子测序所提供的超长的测序读长,一个测序单元就可以拼接出一个完成的测序基因组。与2代高通量测序比较起来还具有无GC便好、PCR扩增便好并直接从中获得基因组表观修饰信息等优点。

技术路线

案例解析

案例一:三代测序组装痢疾?#21496;?#22522;因组

       选取从一战期间(1951年)保存至今的培养在多尔塞特卵培养基中的1株痢疾?#21496;鶱CTC1,借用单分子测序PacBio RS II平台,进行基因组测序。测序深度达到250X,与高通量测序miseq测序结果进行比较,并为发现SNP位点。并与1954年、1984年的菌株进行基因组水平比较,发现绿色为毒力基因有明显增加,抗性基因并为变化。
抗性基因注释数据为ARDB数据库。

Baker K S, Mather A E, McGregor H, et al. The extant World War 1 dysentery bacillus NCTC1: a genomic analysis[J]. The Lancet, 2014, 384(9955): 1691-1697.


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