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单分子测序
       单分子测序技术Single Molecule, Real-Time DNA sequencing诞生于2009,该技术发表于science[1].该测序仪器基本的测序单元:zero-mode waveguide (ZMW)零模波导孔(如下图)。一个测序cell包含15万孔,当且仅当孔里面落入一条DNA片段的时候,才能实现准确测序。一般情况下,一个测序cell孔的利用率为三分之一,一部分孔里面没有DNA片段、一部分落入了1条以?#31995;腄NA片段,剩下的三分之一才符合测序。

     技术推出伊始,以其超长的测序读长被人们所追捧,但因为其?#31995;?#30340;测序数据质量被人们所诟病。通过工程师在测序仪器以及试剂的不断努力,最后还是通过不?#26174;?#21152;的测序通量,来弥补测序质量的不足,具体情况如下表。

      在2010年底推出一代机“PacBio RS”,到2013年推出二代机“PacBio RS II ”,直到实现巨大突破到三代机Sequel System。值得一提的是这次三代机的升级不代机器外观有很大改变,大概变成原来的三分之一。而且测序cell,也由原来的15万孔增大到了100万个,测序通量一下子比原先提高了7倍。


      三代单分子测序已经被广泛应用于微生物基因组测序、全长转录组、宏基因组以及表观研究中。

参考文献:

Eid J, et al. Real-Time DNA Sequencing from Single Polymerase Molecules. Science 323: 133-138 (2009) 

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